Varios problemas complican la desinfección de las tuberías principales de agua. Por ejemplo, la supercloración puede hacer que las tuberías de agua se disuelvan, se vuelvan quebradizas o comiencen a corroerse. Para mejorar la desinfección de las tuberías principales de agua después de su construcción o reparación, Filadelfia creó nuevos estándares para la construcción y desinfección de las tuberías principales antes de ponerlas en servicio; al mismo tiempo, endureció los estándares de calidad del agua que debían cumplirse para poner en servicio una tubería principal. En un estudio de emisiones sanitarias, las tuberías principales de agua se lavan y luego se llenan con agua de distribución. Después de 16 horas, se recolectan muestras a intervalos de 500 pies. Luego se analiza el agua y debe cumplir o superar la calidad del sistema de distribución. Un estudio demostró que los estándares mejorados de construcción y mantenimiento de la empresa de servicios públicos se vieron compensados por pautas más estrictas para los estudios de liberación sanitaria. Así, la tasa de fracaso de las liberaciones sanitarias se triplicó. Existe una amplia oportunidad de contaminación microbiana durante la construcción, reparación y reemplazo de tuberías principales de agua. Los datos de emisiones sanitarias confirman que la contaminación microbiana ocurre y, en ocasiones, requiere un esfuerzo considerable para solucionarla. Sin embargo, se desconocen las fuentes y la importancia de la contaminación microbiana y aún no se ha determinado la idoneidad del proceso de desinfección.