Como ocurre con cualquier análisis de laboratorio, las técnicas de recolección y conservación de muestras son esenciales para obtener buenos datos de TOC. Dos procedimientos son particularmente importantes para los análisis de TOC: enjuague previo de los papeles de filtro antes de la filtración de la muestra y ajuste del pH a 2. Además, saber qué método se utilizará para el análisis es útil para interpretar los resultados. Algunos estudios han llevado a la conclusión de que la oxidación de persulfato por ultravioleta subestima las concentraciones de TOC, en comparación con los resultados de la combustión por infrarrojos. Además, el enfoque para utilizar un método particular puede ser diferente para diferentes laboratorios. Por ejemplo, los instrumentos de combustión por infrarrojos miden el carbono total, luego el carbono inorgánico y obtienen el COT por diferencia. Para minimizar la traducción errónea al valor de TOC, algunos laboratorios "descarbonarán" (o eliminarán) el carbono inorgánico antes del análisis. La industria del agua debería esperar alguna variación en los datos como es habitual. Sin embargo, la recopilación de datos debe comenzar varios meses antes de que las Reglas ICR y D/DBP entren en vigor para permitir que se resuelvan posibles fallos en los procedimientos de recolección y análisis de muestras de TOC. Este tiempo de muestreo previo a la regulación también permitirá que los sistemas se familiaricen con la variación en sus datos de TOC.