El uso de métodos moleculares, como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), la hibridación in situ o los chips de ADN, es de gran utilidad para mejorar el control microbiológico del agua potable o residual. El objetivo de este trabajo fue demostrar la viabilidad del uso de un método cuantitativo RT-PCR (tecnología Taqman) en un laboratorio de rutina utilizando dos ejemplos: la detección de enterovirus y virus de la hepatitis A (VHA) a partir de muestras de lodos. Se desarrollaron y adaptaron dos protocolos para la detección de enterovirus y VHA mediante RT-PCR cuantitativa en tiempo real al análisis de muestras de lodos en un laboratorio que emplea especialistas muy cualificados en biología molecular (laboratorio de virología del CHU de Nantes, Francia). Para utilizar estos protocolos de forma rutinaria, se realizaron pruebas de evaluación por personal del laboratorio que se basó en la validación del protocolo de RT-PCR cuantitativa en tiempo real: límite de detección, repetibilidad, y también en la validación del protocolo completo incluyendo la concentración y purificación. de muestras de lodos y la detección de virus por RT-PCR en un ensayo interlaboratorio. Los resultados muestran la viabilidad de la transferencia y el uso de nuevas tecnologías, como la PCR cuantitativa, en un laboratorio de rutina. Incluye 6 referencias, tablas.